La fauna comprende 132 especies de mamíferos, 583 especies de aves y 66 especies de reptiles, batracios y peces. Aún quedan osos negros y pardos, zorros y ciervos. El único primate es el simio de cara roja (el macaco de Japón) que puebla todo el territorio de Honshu.
Casi el 70% de la superficie de Japón está cubierta por bosques. La variedad de árbol predominante es la conífera. Una especie común es el cedro japonés, que puede llegar a medir 46 m de altura. El crisantemo es la flor nacional de Japón.
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